Rashford, 27, sa at han var «klar for en ny utfordring» i et intervju etter å ha blitt droppet for Manchester City kampen 15. desember.
Den engelske landslagsspilleren gikk deretter glipp av 4-3 Carabao Cup-kvartfinalenapet mot Tottenham og ble også utelatt da United tapte 3-0 mot Bournemouth på søndag, noe som bidro til spekulasjonene om at han kunne forlate Old Trafford i januar.
Les: Oscar som nylig forlot Kina med over 240 millioner euro i lomma er klar for ny klubb
«Det er en vanskelig situasjon,» sa Amorim til Sky Sports.
«Jeg forstår at disse spillerne har mange mennesker rundt seg, som tar valg som ikke er den første ideen fra spilleren.
«De valgte å gjøre intervjuet siden det ikke bare er Marcus.»
«Han vil spille. han prøver’
Rashford har scoret 138 mål på 426 kamper for klubben siden debuten i 2016.
Men mens han klarte 30 mål i alle konkurranser i 2022-23, har han slitt for formen i tre av de fire foregående sesongene og tiltrukket seg kritikk fra forståsegpåere og fans for en rekke slitne prestasjoner.
Amorim sa at han kan «skille» beslutningene til de som gir råd til Rashford fra forholdet hans til spilleren.
«For øyeblikket er jeg fokusert på å forbedre Marcus,» la han til.
«Vi trenger en talentfull fyr som Marcus. Jeg glemmer intervjuet nå og ser hva jeg ser på banen.»
Når det gjelder Rashfords fremtid, sa den portugisiske sjefen at det er opp til ham og klubben «å håndtere det når den tid kommer».
Amorim snakket til de bredere mediene før United møter Wolverhampton Wanderers på torsdag, og benektet at praten rundt Rashford var en distraksjon, og la til: «Noen gutter har et stort ansvar her fordi de har vært her lenge.
«Hvis du har store talenter, [trenger vi] store prestasjoner, stort ansvar, stort engasjement for å presse alle fremover i dette øyeblikket. Som alle andre spillere, [vi vil at han skal være] den beste han kan være.
«Dette er kanskje et av de laveste øyeblikkene i klubben vår. Vi må møte det og være sterke.»
Uniteds ydmykende nederlag mot Cherries betyr at de går inn i julen på 13. plass i Premier League, etter at Wolves er vert for Newcastle 30. desember.
Det vil være deres laveste plassering på tabellen på dette stadiet siden de ble nummer 15 i 1986, litt over to måneder etter Sir Alex Fergusons regjeringstid som manager.
Amorim måtte stoppe pressekonferansen etter kampen på søndag på grunn av en lekkasje i taket på presserommet.
På spørsmål senere om hvordan han hadde tenkt å snu formuen på Old Trafford, pekte den tidligere Sporting-treneren i taket og sa: «Hvis jeg visste det, ville jeg løse alle problemene til denne klubben, også dette.
«Jeg vet hva jeg skal gjøre. Det er så klart for meg. Jeg vil ikke si at jeg føler meg avslappet fordi jeg er veldig frustrert. Det er et veldig vanskelig øyeblikk, men vi vil løse problemer trinn for trinn og finne svar på alt. «
Les på Popidol: I den kommende filmen kysser Superman faktisk Lois Lane
